همان طور كه در مطالب قبلي بيان گرديد، حرم الشريف در قله ي كوه موريا واقع شده است و با هدف حفاظت از صخره ي مقدس ، درست بر روي قله كه سنگ معراج قرار دارد قبة الصخره نيز ساخته شد.

كوه موريا از قله به پايين داراي شيب بسيار تندي بوده است و لذا براي از بين بردن آثار شيب، قبه الصخره را بر روي سكوئي بنا نمودند. از اين رو ساختمان مسجدالاقصي را نيز براي آنكه كف مسجد مستوي و سطح صافي داشته باشد و اثر شيب تند كوه در آن نمودار باشد آن را در دو طبقه ساخته اند ؛

 ساختمان مسجدالاقصي از 150 متري جنوب صخره مقدس مي شود. در مسجد زير زميني با افزايش شيب اصلي، ارتفاع ستون هاي آن نيز اضافه مي گردد. سقف مسجد زير زميني بر روي هشتاد و هشت ستون مربعي شكل كه از سنگ ساخته شده اند قرار دارد. اين ستون ها در پانزده رديف واقع شده اند.

راه ورودي مسجد زير زميني از ايوان مسجدالاقصي و با يك راه پله  شروع مي شود. اين مسجد زير زميني در قسمت جنوبي نيز به وسيله دروازه اي به بيرون وصل مي گردد، گفته مي شود كه اين مسجد زير زميني نخستين بار پيش از اسلام به وسيله ي مسيحيان به عنوان كليسا ساخته شده بود و آنان معتقد بودند كه حضرت عيسي عليه السلام از اين محل به آسمان صعود كرده است نيز گفته مي شود در داخل راهرو كنار دروازه ي اين مسجد زيرزميني به قرار اطلاع هنوز كتيبه هايي از دوران قبل از اسلام و نيز آثار تصرف صليبيون بر ديوار آن ديده مي شود .
بر روي مسجد زير زميني، ساختمان اصلي مسجداقصي احداث شده است .

پس از فتح بيت المقدس توسط مسلمانان در سال 638 هـ .ق چنانچه گفته شد، ابتدا مسجد صخره پايه گذاري گرديد و بعدا در ضلع جنوبي حرم الشريف مسجد جديدي به نام مسجد اقصي ساخته شد .
ساختمان اوليه ي مسجد پس از ورود مسلمانان به فلسطين در سال هاي 709 تا 715 ميلادي به دستور وليد بن عبدالملك مروان خليفه اموي بنا گرديد كه قسمتي از همان ساختمان به شكل ستون هاي بسيار بزرگ كه به خوبي از ساير ستون ها و قسمت هاي بناي مجلل مسجد مشخص است هنوز وجود دارد، مشهور است كه خراج هفت سال مملكت مصر براي احداث بناي قبه الصخره و مسجدالاقصي هزينه شده است .
زلزله اي كه در سال 746 ميلادي روي داد به ساختمان مسجد صدمه ي زيادي وارد كرد كه به دستور المنصور خليفه ي وقت عباسي تعمير گرديد، چندي بعد براي دومين بار زلزله اي ساختمان مسجد را لرزاند كه اين بار به دستور المهدي خليفه ي عباسي تجديد بنا گرديد .
عبدالدهر يكي از حكام فاطميون مصر در سال هاي 1034 تا 1036 ميلادي ضمن انجام تعميرات در بناي مسجدالاقصي حصار شهر بيت المقدس را كه در قسمت هاي جنوبي و شرقي آن در اثر زلزله خراب شده بود تعمير نموده و آنها را به ساختمان مسجد اتصال داد.

ساختمان اوليه ي مسجدالاقصي كه به دستور وليد بن عبدالملك ساخته شده، كوچك بود و به تدريج در طي قرن ها ي بعد توسط سلاطين و حكام و سرداران اسلامي وسعت يافت و ساختمان هاي ديگري در اطراف آن احداث گرديد و با دادن تغييرات اساسي در معماري و نقشه و تزئينات آن و نوشتن خطوط عالي و كتيبه هاي زيبا و نصب ستون ها از بهترين سنگ هاي جهان به صورت يكي از بهترين و مجلل ترين مساجد جهان در آمد . (لينك تصوير)

در بين همه ي كساني كه براي نوسازي و توسعه و تزئينات مسجد همت گمارده اند بيش از همه نام و آثار صلاح الدين ايوبي به چشم مي خورد .

در سال 1099 ميلادي كه شهر بيت المقدس در جنگ صليبي به دست مسيحيان افتاد، آنان وارد حرم شده و سردار روم قسمت غربي ساختمان مسجد را به قصر اختصاصي خود تبديل كرد. در سال 1118 ميلادي مسيحيان مسجدالاقصي را قرارگاه نگهبانان خود نموده و آن را به نام كاخ سليمان ناميدند. علاوه بر آن قسمتي از مسجد را نيز محل انبار وسائل و لوازم خود ساختند و در اطراف مسجدالاقصي ساختمانهاي زيادي براي انبار و اسلحه خانه هاي خود بنا نمودند .
مسيحيان صليبي در تصرف بيت المقدس و ورود به حرم شريف و تجاوز به ساحت مسجدالاقصي اين قديمي ترين زيارتگاه پيروان اديان توحيدي جهان چنان فجايعي از قتل و آدمكشي و غارت به بار آوردند كه درجزو آثار ننگين تاريخ ثبت گرديده است به طوري كه "وايمون اداژيل" قسيس فقط ده هزار نفر را كه به حرم شريف پناه برده بودند در داخل حرم كشتند و در نتيجه ي آن در داخل حرم به قدري خون جمع شده بود كه لاشه هاي مقتولين در آن شناور بود .