مسجد در كل داراي 11 درب ورودي است : 7 درب در شمال ، 1 درب در شرق، 2 درب در غرب و 1 درب در جنوب مسجد.

سمت شمالي مسجد از بيرون داراي هفت ايوان طاق نماي بسيار زيبايي مي باشد كه تماما از سنگ تراش ساخته شده اند . درب بزرگ ورودي مسجد در ايوان وسطي قرار دارد كه ارتفاع آن بلندتر از ايوان هاي ديگر بوده و طاق نماي آن بزرگتر از طاقنماهاي ديگر مي باشد . به علاوه بر روي آن طاق نما هاي كوچكتر با ستونهاي مرمرين زيبايي تعبيه شده است .

به همين ترتيب داخل مسجد نيز شش رديف ستون آزاد و دو رديف ستون جانبي متصل به ديوار هاي شرقي و غربي وجود دارد . سقف مسجد در قسمت وسط به شكل شيرواني و در ساير قسمت ها طاق نما مي باشد  و در رديف ستونهاي وسطي و سقف شيرواني شكل روي آنها بلندتر از قسمت هاي ديگر مي باشد .

بعضي از ستونهاي مسجد كه در قسمت غربي و قديمي ترين قسمت مسجد هستند از سنگ و آجر ساخته شده و پهن و عرض هستند كه ابعاد آن 2×3 متر مي باشد و با گچ نماكاري شده اند ولي در قسمت هاي مركزي و شرقي مسجد ستونها سنگي و از بهترين نوع سنگهاي مرمر درخشان و شفاف جهان هستند كه به رنگ هاي مختلف سياه – سبز – بنفش – سفيد شيري – كبود يشمي و غيره شكوه خاصي به ساختمان با عظمت و فضاي ملكوتي مسجد بخشيده اند .
ارتفاع اين ستون هاي سنگي كه يك پارچه هستند در حدود 5 متر مي باشد .

در قسمت جنوبي و وسط ، يك گنبد بلند و  بزرگ وجود دارد و در زير آن محراب با شكوه مسجد به نقش و نگار بسيار عالي تزئين يافته و كتيبه‏اي‏ دارد كه نشان ميدهد صلاح‏الدين در سال 583 هجري اين محراب را بنا نموده است و در همين جا يك منبريست كه از بهترين چوب ها  كه در آن با عاج و صدف‏ منبت‏كاري شده كه نهايت درجه حيرت‏انگيز ميباشد و از كتيبه‏اي كه در آن‏ موجود است معلوم ميشود كه اين منبر در سال 564 هجري ساخته شده و شيشه‏هاي پنجره‏هاي بالاي محراب آن متعلق به قرن شانزدهم ميلادي است. (اين منبر در سال 1996 در يك آتش سوزي از بين رفت كه شرحش در آتي مي آيد )  لينك تصوير

سطح دروني اين گنبد عظيم از طلاي ناب تزيين شده و گفته مي شود وزن طلا هاي به كار رفته در سقف از ده ها كيلوگرم متجاوز است . . بر كناره سقف گنبد و اطراف سر ستون ها و حاشيه محراب آياتي از قرآن كريم با بهترين خط نسخ عربي و كوفي كه گاهي از طلاي ناب و برجسته هستند ديده مي شوند .
احساس زيبايي مسحور كننده خطوط اين آيات شريفه و تلألو آنها در آيينه هاي مورب و درخشان رنگي ستونها ي سنگي مسجد اثر پر ابهتي كه در دل آدمي ايجاد مي كند روح و جسمانسان را چنان در عظت حقيقت و محتواي آيات قرآن فرو ميبرد كه آدمي به يكباره خود را از قيد زمان و مكان و تعلقات فاني زندگي مادي رهاديده .
در كنار يكي از ستون هاي گنبد بزرگ سكوئي سنگي به ابعاد 2×3 متر بر روي چهار ستون مخصوص به ارتفاع تقريبي سه متر قرار دارد كه موذن ، قاري قرآن و مكبر با يك پلكان مخصوص به آتجا رفت و مخصوصا روزهاي جمعه در اداي مراسم نماز جمعه از روي آن سكو انجام وظيفه مي كنند . كف مسجد كه از سنگ و كاشي ساخته شده از فرش هاي ايراني مفروش است .
در سمت جنوب غربي ساختمان مسجد به صورت زاويه اي به سمت غرب ادامه پيدا كرده است كه به نام مسجدالابيض (مسجد سفيد) يا مسجد زنان مي نامند . از غرب مسجد زنان بلافاصله كمي ساختمان موزه اسلامي و به علاوه يك مناره بلند و با شكوه درست در گوشه جنوب غربي حرم شريف قرار دارد . موزه اسلامي و مسجد زنان وصل به ديوار جنوبي و غربي حصار حرم شريف واقع شده اند و در شمال موزه باب المغاربه (دروازه ي غربي) تعبيه شده است .
در سمت شرقي مسجدالاقصي و وصل به آن ساختمان هاي ضميمه به اسامي محراب زكريا ، مسجد چهل شهيد و مسجد عمر شاخته شده اند كه همه آنها به طوري كه در تصوير ديده مي شود با طاق نما و درب مخصوص به داخل مسجدالاقصي راه دارند . مسجد عمر از همه ي آنها بزرگتر است .
اگر درباره اوصاف ساختمان مسجد و مشخصات معماري و مصالح ساختماني و جزء به جزء ظرايف هنري و عظمت ستونها و خطوط كتيبه ها و محراب و گنبد و ضمائم آنها بخواهيم بررسي نموده و همه را بنويسيم در چنين مقالاتي جاي نمي گيرد و لاجرم كتابي را ميخواهد .