«حضرت آيت‌الله خمينی (ره) مرجع دينی، از كليه مسلمانان خواستند كه صفوف خود را در برابر دشمنان متحد سازند. حضرت آيت‌الله طی گفتگويی با خبرگزاری عراق اظهار داشتند: كنفرانس اسلامی كه در اين رابطه منعقد گرديد، منشا خدمتی به سود مسلمانان نشد، بلكه به دشمنان اسلام كمك كرد زيرا اين كنفرانس تلاش داشت كه جنايات صهيونيسم، در آتش زدن مسجد الاقصی لوث شود. جای شگفتی نيست كه كنفرانس مزبور با شكست مواجه شد، زيرا بعضی از شركت‌كنندگان در اين كنفرانس نيت صادقانه نداشتند و به علاوه تناقضاتی ميان شركت‌كنندگان در اين كنفرانس وجود داشت.

حضرت آيت‌الله افزودند: تا زمانی كه فلسطين اشغال شده، آزاد نشده است مسلمانان، مسجد‌الاقصی را نبايد تجديد بنا كنند. بگذارند جنايت صهيونيسم همواره در برابر چشمان مسلمانان مجسم باشد و مايه حركتی برای آزادی فلسطين گردد.»

امام خمينی (ره) ضمن بحث راجع به حكومت اسلامی در بهمن 1348 نيز نظر خود را راجع به آتش‌سوزی مسجد‌الاقصی و نقشه صهيونيستی و غارتگرانه‌ای كه رژيم شاه در زير پوشش جمع‌آوری اعانه برای تجديد بنای مسجد‌الاقصی دنبال می‌كرد، چنين بيان فرمودند:

«... مسجد‌الاقصی را آتش زدند، ما فرياد می‌كنيم كه بگذاريد مسجد‌الاقصی به همين حال نيم‌سوخته باقی باشد، اين جرم را از بين نبريد؛ ولی رژيم شاه حساب باز می‌كند و صندوق می‌گذارد و به اسم بنای مسجد‌الاقصی از مردم پول می‌گيرد تا شايد بتواند از اين راه استفاده نمايد و جيب خود را پر كند و ضمنا آثار جرم اسرائيل را از بين ببرد...»